modelowanie molekularne

Jestem Yan, inżynier informatyki stosowanej po Uniwersytecie Mikołaja Kopernika w Toruniu. Przez dwa lata pracowałem jako programista naukowy w uniwersyteckim zespole zajmującym się chemią kwantową. Napisałem bibliotekę obliczeniową, z której korzystała cała grupa badawcza, sprawdzałem poprawność metody przez porównanie z literaturą i danymi wzorcowymi oraz zautomatyzowałem liczenie na klastrze tak, że seria zajmująca wcześniej prawie dobę kończyła się w godzinę. Konfigurowałem też środowiska obliczeniowe dla innych członków zespołu, więc wiem, gdzie zwykle wykłada się osoba zaczynająca pracę z takimi narzędziami.

Czego uczę:Praktycznej strony modelowania molekularnego, czyli tego, jak faktycznie przeprowadzić obliczenie i ufać jego wynikowi. Przygotowania pliku wejściowego, wyboru metody i bazy funkcyjnej wraz ze zrozumieniem, za co się przy tym płaci czasem obliczeń. Optymalizacji geometrii cząsteczki, wyznaczania energii i drgań, a także tego, co zrobić, gdy obliczenie się nie zbiega albo kończy błędem.

Pracujemy głównie w pakiecie Psi4 sterowanym z poziomu Pythona, bo to najwygodniejszy sposób, żeby zrozumieć, co dzieje się pod spodem, i żeby móc zapisać własny schemat obliczeń zamiast klikać w gotowy program.

Druga część to warsztat obliczeniowy, którego zwykle nikt nie uczy, a bez którego praca stoi: Linux i praca w terminalu, przygotowanie środowiska w systemie conda, uruchamianie zadań przez system kolejkowy na klastrze, pilnowanie zasobów oraz automatyzacja serii obliczeń skryptem zamiast ręcznego uruchamiania każdego z osobna. Do tego analiza i wizualizacja wyników w Pythonie z bibliotekami NumPy i matplotlib oraz przygotowanie wykresów i zestawień do pracy lub publikacji.

Dla kogo:Dla studentów chemii, fizyki, biotechnologii i kierunków pokrewnych, którzy mają zajęcia z chemii obliczeniowej lub modelowania. Dla osób piszących pracę inżynierską, licencjacką lub magisterską, w której trzeba coś policzyć i sensownie opisać wyniki. Dla doktorantów i naukowców, którzy liczą już od jakiegoś czasu, ale obliczenia trwają za długo, wymagają ręcznej obsługi albo dają podejrzane wyniki.

Jak wyglądają zajęcia:Pracujemy na konkretnym zadaniu, najlepiej na tym, które akurat jest potrzebne. Przeprowadzamy je od początku do końca: przygotowanie, obliczenie, sprawdzenie wiarygodności wyniku i wnioski. Uczę też najważniejszego odruchu w tej dziedzinie, czyli porównywania wyniku z danymi wzorcowymi, bo program zawsze zwróci jakąś liczbę, tylko nie zawsze prawdziwą.

Uczciwie zaznaczam, czym to nie jest: jestem informatykiem po stronie obliczeniowej, a nie chemikiem. Nie uczę chemii szkolnej ani teorii do egzaminu z chemii kwantowej. Tłumaczę natomiast, jak przeprowadzić obliczenia, zrozumieć, co robi program, i zapanować nad wynikami. Nie wykonuję też obliczeń ani prac za kogoś, tylko uczę robić je samodzielnie.

Zajęcia mogę prowadzić po polsku, angielsku lub rosyjsku. Zapraszam do kontaktu.